Itämeressä on verrattain vähän lajeja, mutta lajien yksilöitä voi esiintyä paljonkin.
Itämeressä elää niin suolaisen kuin makeankin veden lajeja. Tässä osiossa keskitytään kasveihin. Eri alueiden elinyhteisöissä elää hyvin erilaisia lajeja. Alueet jaetaan karkeasti neljään osaan: ulappa, pohja, rantavyöhyke ja jää. Alla lyhyt tiivistelmä kunkin yhteisön kasveista.
Ulappa
Erilaiset kasviplanktonlevät ovat Itämeren runsaslukuisimpia kasveja. Niitä on arviolta parituhatta lajia, joista noin 100 ovat yleisiä. Suurin osa niistä elää ulapalla.
Kasviplanktonit ovat tärkeä osa Itämeren ravintoketjua. Tämä on tyypillistä vähälajisissa merissä. Kasviplanktonia on eniten keväällä. Tätä aikaa kutsutaan kevätkukinnaksi. Tänä aikana piilevät ja panssarisiimalevät esiintyvät runsaimmin.
Loppukesällä sinilevä alkaa muodostaa suuria pintalauttoja eli kukintoja. Vesien kylmetessä syksyllä planktoneliöstö vähenee ulappavedessä ja monet lajit vajoavat pohjaan talvehtimaan.
Pohja
Itämeren pohjat voivat etenkin syvänteissä todella huonosti. Erityisesti Suomenlahti kärsii liiasta rehevöitymisestä. Avomeri on eläimistöltä ja kasvustoltaan heikointa. Pohjan olosuhteet kuitenkin vaihtelevat ja esimerkiksi saaristovyöhykkeellä ja rannan ympäristössä on enemmän kasveja.
Rantavyöhyke
Rantavyöhykkeellä on paljon lajeja. Lajit riippuvat paljon siitä millainen ranta on kyseessä. Esimerkiksi kallioisella rannalla vesirajassa elää rihmaleviä, joista yleisin on ahdinparta, joka kasvaa vihreinä tukkoina. Myös rakkolevää saattaa esiintyä kallioisella rannalla. Rakkolevä on yksi Itämeren yleisimmistä lajeista ja se tarjoaa suojaa ja ruokaa monille eläimille.
Rannoilla, joissa on pehmeä pohja, kasvaa järviruokoa. Puhtailla hiekkapohjaisilla rannoilla taas esiintyy meriajokasta ja merinäkinpartaista.
Jää
Jäällä ei ymmärrettävästi kasva juurikaan kasveja. Tietyt kasviplanktonit ovat kuitenkin sopeutuneet olosuhteisiin. Jään alapinta tarjoaa näille lajeille alustan, johon kiinnittyä. Näitä kasveja tavataan erityisesti jäätalven loppuvaiheessa, kun valon määrä lisääntyy ja läpäisee myös enemmän jäätä.
Kasvien suojelu on tärkeä osa Itämeren suojelusta, koska yhdenkin kasvin sukupuuttoon kuolemisella tai vähenemisellä voi olla synkät seuraukset monille eläimille. Vaikka ihmiselle ei äkkiseltään tuntuisikaan tärkeältä suojella leviä, se alkaa muuttua merkitykselliseksi, kun ajattelee levien merkitystä Itämeren ekosysteemiin. Kasveilla on suuri merkitys paitsi eläinten ruokana, myös suojapaikkoina.