Itämerta on syytä suojella monista syistä. Itämeren pahimpana uhkana on tällä hetkellä typpi – ja fosforikuormituksen aiheuttama rehevöityminen. Rehevöitymisen seurauksena syvänteissä syntyy happikatoa, eikä mikään eliö voi elää ilman happea.
Muita konkreettisia uhkia ovat liikakalastus, laivaliikenteen mukana tuomat vieraslajit, saasteet, roskaantuminen ja öljynkuljetukset.
Itämeren elinolosuhteiden vuoksi (ks. Tietoa Itämerestä), ravintoketjut ovat valtamereen verrattuna yksinkertaisia. Siksi eläin- ja kasvikunta onkin herkkä ympäristön muutoksille. Suojelutoimia tarvitaan, jotta Itämeri säilyttää ainutlaatuisen luontonsa.
Tällä hetkellä Itämerta suojellaan jo monin tavoin. Kansainvälinen yhteistyö, lainsäädäntö ja erilaiset tavotteelliset hankkeet auttavat Itämeren suojelussa.
Alla esimerkkejä keskeisistä EU-direktiiveistä, joita on säädetty Itämeren suojelemiseksi. Nämä direktiivit koskevat suurinta osaa maista jotka ympäröivät Itämerta, koska melkein kaikki ovat EU:n jäseniä.
Vesipuitedirektiivillä halutaan ehkäistä pinta- ja pohjavesien tilan heikkenemistä koko Euroopan unionin alueella.
Nitraattidirektiivin tarkoituksena on suojella vesiä nitraattien aiheuttamalta pilaantumiselta. Käytännössä nitraatit ovat usein peräisin maataloudesta, joten asetus koskee pääasiassa viljelijöitä.
Yhdyskuntajätevesidirektiivi on säädetty suojelemaan ympäristöä jätevesipäästöiltä. Lailla pyritään myös edistämään jätevesien biologista käsittelyä sekä typen ja fosforin poistamista merestä.
Meristrategiadirektiivillä halutaan saavuttaa hyvä ekologinen tila Euroopan merille vuoteen 2020 mennessä.
Luontodirektiivi on säädetty, jotta tiettyjä lajeja ja luontotyyppejä suojellaan asianmukaisesti.
Lintudirektiivin tarkoituksena on lintujen suojelu ja tiettyjen lintukantojen ylläpitäminen tasolla joka vastaa ekologisia ja tieteellisiä vaatimuksia.
Vaikka EU:n tasolla tehdyt lainsäädännöt ovatkin hyvä viesti ja suunta eteenpäin, työ Itämeren suojelemiseksi ei pääty siihen. Lakien noudattamista täytyy valvoa ja yksilöiden asenteiden on muututtava, jotta Itämeri voidaan pelastaa. Itämeri on jo niin saastunut, että sen puhdistuminen vie aikaa ja monet lajit Itämeressä ovat jo sukupuuttoon kuolemassa. Siksi Itämeren suojelu on pitkäjänteistä työtä, eikä tuloksia näy heti. Joidenkin kantojen tilanne on jo niin huono, etteivät mitkään elvytystoimet enää välttämättä auta. Toisilla lajeilla on kuitenkin vielä toivoa.