Itämeri on Atlantin sivumeri ja se sijaitsee Pohjois-Euroopassa. Se on lähes kokonaan mannerten sulkema alue. Sitä ympäröivät seuraavat maat: Suomi, Ruotsi, Tanska, Venäjä, Baltian maat, Saksa ja Puola.
Itämeren voi muotonsa perusteella jakaa karkeasti neljään osaan: varsinainen Itämeri ja sen kolme suurta lahtea Pohjanlahti, Suomenlahti ja Riianlahti. Näiden osa-alueiden välillä vesi vaihtuu vain osittain.
Itämeri on poikkeuksellinen meri. Sen vesi on ainutlaatuinen sekoitus suolaista ja makeaa vettä. Tällaisia vesiä kutsutaan murtovesiksi. Itämeri onkin Mustanmeren jälkeen suurimpia murtovesialtaita. Enimmilläänkin Itämeren suolapitoisuus on vain viidesosa muiden valtamerien suolapitoisuudesta ja pohjoisemmassa sen vesi on lähes makeaa.
Jo pelkästään tämä seikka tekee elämästä Itämeressä haastavaa. Murtovesialtaat ovat maapallolla uusi ilmiö, joten evoluutiolla ei ole ollut mahdollisuutta luoda lajeja jotka sopisivat hyvin näihin olosuhteisiin. Itämeressä elää siis rinta rinnan makean ja suolaisen veden lajeja, sekä eläimiä jotka ovat jollain tavalla sopeutuneet olosuhteisiin.
Lisäksi Itämeri on mereksi pieni ja matala. Siinä missä esimerkiksi valtamerien keskisyvyys voi olla useita kilometrejä, Itämeren keskisyvyys on vain 55 metriä. Itämeren syvin kohtakin on 459 metriä.
Myös veden vaihtuvuus on hyvin hidasta, on laskettu, että koko Itämeren vesimäärän vaihtumiseen kuluisi 30 vuotta. Tämä johtuu siitä, että Itämeri on yhteydessä Pohjanmereen vain Tanskan salmien kautta. Salmet ovat kapeita ja matalia, joka vaikeuttaa veden vaihtumista. Tämä tekee Itämerestä hyvin haavoittuvaisen ympäristömyrkyille ja rehevöitymiselle ja molemmilla on pitkät vaikutukset meren ekosysteemeihin.
Pohjoisen sijaintinsa takia osa Itämerta myös jäätyy talvella. Merijää on kuitenkin jonkin verran heikompaa kuin makean veden jää, mm. suolaisuus ja muut epäpuhtaudet heikentävät jäätä. Tämäkin luo eläimille omat haasteensa, koska niiden on sopeuduttava hyvin vaihteleviin olosuhteisiin.
Kun ottaa vielä huomioon, että Itämeri on yksi maailman saastuneimmista meristä, on lähestulkoon ihme, että siellä ylipäätään elää mitään.